학사경고제는 92학년도 신입생부터 적용한다.
학업성적이 열등하여 성적 평점 평균이 1.80에 미달한 학생에게 학사경고를 부과한다.

학사경고를 연속 2회 받은 학생은 교수학습지원센터에서 학사경고자의 학업능력 향상을 위해 특별히 개설한 교과목인 효원학습컨설팅을 반드시 이수하여야 하며, 이를 이수하지 않을 경우 매학기 10학점 이내로만 수강신청 할 수 있다. 학사경고 연속 2회의 기준은 직전 학기이며, 휴학자의 경우 휴학 직전 학기 이다. 학사경고를 받은 후 휴학하고 다시 복학하여 학사경고를 받은 경우도 연속 횟수에 포함된다.

의과대학 의학과 학생은 성적 평점 평균이 2.00에 미달한 경우 또는 각 학기에 배정된 필수과목 가운데 한과목이라도 낙제(F)한 경우에는 학기말에 유급된다.
치과대학 학생은 성적 평점평균이 1.80에 미달한 경우에는 해당 학기마다 학사경고를 부과하고, 각 학기에 배정된 필수과목 가운데 한 과목이라도 낙제(F)한 경우에는 학기말에 유급된다.
의학전문대학원 및 치의학전문대학원 석사과정 재학 중 해당 학기에 1개 과목 이상 낙제(F)하거나 학업성적의 평점평균이 의학전문대학원은 1.80 미만, 치의학전문대학원은 2.00 미만일 경우에는 학기 말에 유급된다.

유급된 학생은 그 학기에 배정된 전 교과목을 다시 이수하여야 한다.
단, 의학전문대학원 및 치의학전문대학원에서 유급한 학생은 당해 학기에서 이수한 교과목 중 C+ 이하인 과목을 재이수 하여야 한다.